2007年南通市新型农村合作医疗参保人数为527.28万人，参保率达95.88%，超额完成省政府确定的目标任务。

新型农村合作医疗制度是政府为缓解农民因病返贫、因病致贫的重要手段，南通市于2005年全面实施这一惠民措施。按照“政府资助、集体扶持、个人缴纳”的原则，2007年，市（县）财政补偿逾2亿，参保者受益面达60%。平均实际补偿率从上年的25%升至29.5%，有14.58万人次享受到了住院补偿，其中万元以上补偿人次达2984人。此外，全市各县（市）区投资840多万元加强定点医疗机构的管理，方便群众结报，6个县（市）和市开发区实现了网络即时结报。

作为医疗保障体系建设的重要环节，2008年南通全市新农合参合率将稳定在95%以上，县（市）人均筹资标准不低于100元，市区三区人均筹资标准力争达到120元以上。同时坚持大病统筹、以住院补偿为主、适当兼顾门诊报销的原则，尽可能扩大受益面。各地住院补偿封顶线将提高到6万元以上，基金使用率达到90%以上，参保农民医疗费用平均补偿比全面达到35%以上，当年基金结余率控制在10%以内，并改革新农合费用结算方式，探索单病种付费试点，建立医药费用信息公示制度。